Microbial Communities: Functional Versus Structural Approaches

تحقیق در جوامع تجزیه کننده اکوسیستم های زمینی برای مدت طولانی بر روی زیست توده میکروبی و پارامترهای گردش ناخالص متمرکز شده است. اخیراً تلاش‌های بیشتری برای بررسی فراتر از زیست توده و تعیین دقیق‌تر توابع و جمعیت‌ها در مقیاس زمانی و مکانی کوچک‌تر انجام می‌شود. بسیاری از تکنیک ها در حال بهبود و توسعه هستند. گارلند و میلز (1991) مجموعه ای از انتشارات را در مورد آزمایش های استفاده از بستر در زمینه اکولوژی میکروبی راه اندازی کردند. با وجود چندین نتیجه امیدوارکننده برای کاربردهای مختلف در آزمایشگاه‌های مختلف، مشکلات زیادی در مورد سنجش و تفسیر نتایج آشکار شد. پس از بحث های فردی در مورد رویکرد با همکاران از آزمایشگاه های مختلف، ما شروع به برنامه ریزی یک کارگاه آموزشی در مورد این موضوع کردیم. پاسخ بخشنامه اول ما فوق العاده بود و به جای یک کارگاه کوچک، به جلسه ای با تقریبا 150 شرکت کننده تبدیل شد. این نشست با نام "استفاده از بستر برای توصیف جوامع میکروبی در اکوسیستم های زمینی" (SUBMECO) و در اینسبروک، اتریش، از 16 تا 18 اکتبر 1996 برگزار شد. دامنه بسیار متمرکز، طرفداران مشتاق این رویکرد و همچنین جدی را به خود جلب کرد. منتقدان برخی از موضوعات مربوط به بهبود تکنیک‌های تلقیح و جوجه‌کشی فعلی، از پیش تیمار نمونه، تراکم تلقیح و دمای جوجه‌کشی تا مدیریت داده‌های آماری بود. روش‌های جدیدی برای محاسبه تنوع میکروبی و همچنین روش‌های بوت استرپ پیشنهاد شده‌اند که امکان آمار با متغیرهای زیادی را در تعداد نسبتاً کم تکرار فراهم می‌کند.

Research on decomposer communities of terrestrial ecosystems for a long time has focussed on microbial biomass and gross turnover parameters. Recently, more and more attempts are made to look beyond the biomass, and more specifically determine functions and populations on a smaller scale-in time and space. A multitude of techniques is being improved and developed. Garland and Mills (1991) triggered a series of publications on substrate utilization tests in the field of microbial ecology. Despite several promising results for different applications in different laboratories, many problems concerning the assay and the interpretation of results became evident. After individual discussions on the approach with colleagues from various laboratories we started to plan a workshop on the matter. The response on our first circular was extraordinary, and instead of a small workshop it became a meeting with almost 150 participants. The meeting was named 'Substrate use for characterization of microbial communities in terrestrial ecosystems' (SUBMECO) and was held in Innsbruck, Austria, from Oct. 16-18, 1996. The very focussed scope attracted enthusiastic advocates of the approach, and also serious critics. Some of the topics concerned improvements of current inoculation and incubation techniques, ranging from sample pre-treatment, inoculum density and incubation temperature to statistical data handling. New methods for calculating microbial diversity were proposed, as well as bootstrap methods that allow statistics with many variables on a relatively low number of replicates.