Computing for Comparative Microbial Genomics: Bioinformatics for Microbiologists

مشکل اصلی که بسیاری از میکروبیولوژیست ها با آن روبرو هستند، اطلاعات بیش از حد است. در نتیجه اقتصادی شدن فناوری‌های توالی‌یابی، نیاز واقعی و مبرم به روش‌های محاسباتی با توان عملیاتی بالا برای مقایسه صدها و هزاران ژنوم باکتری وجود دارد.

این متن/مرجع قابل دسترسی مجموعه‌ای منسجم را ارائه می‌کند. ابزارها و یک چارچوب روش‌شناختی برای مقایسه توالی‌های DNA خام و توالی‌های ژنوم کاملاً مشروح‌شده، سپس از آنها برای ساخت و آزمایش مدل‌هایی درباره گروه‌هایی از موجودات متقابل در یک محیط یا جایگاه اکولوژیکی استفاده کنید. این کتاب درسی مقدماتی که به راحتی قابل پیگیری است، حول آموزش روش‌های محاسباتی / بیوانفورماتیک برای مقایسه ژنوم‌های میکروبی ساخته شده است و شامل مثال‌های دقیقی از نحوه مقایسه آنها در سطح DNA، RNA و پروتئین، از نظر تحلیل ساختاری و عملکردی است. .

موضوعات و ویژگی ها:

• شامل پنج فصل مقدماتی است که هر کدام حوزه علمی خاصی را نشان می دهد تا همه خوانندگان را به سطح پایه یکسان برساند

• آشنایی خوانندگان با توالی ژنوم، توالی RNA (ترانسکریپتومیکس)، پروتئومیکس و تنظیم بیان ژن

• روش های اساسی برای مقایسه ژنوم ها و تجسم نتایج برای تفسیر آسان را شرح می دهد

• جوامع میکروبی را مورد بحث قرار می دهد، ارائه چارچوبی برای تجزیه و تحلیل و مقایسه ژنوم های منفرد یا DNA خام مشتق شده از اکوسیستم های کامل

• اطلس های مختلف را معرفی می کند، که با اطلس ژنوم ساخته می شود

• مثال های مفید متعددی در سراسر ارائه می کند

• تمرکز بر استفاده و تفسیر ابزارهای وب در دسترس عموم

• منابع تکمیلی، مانند پیوندهای وب، در http://comparativemicrobial.com

توسعه یافته از مجموعه ای از سخنرانی ها برای دوره ای در ژنومیک میکروبی مقایسه ای که از سال 2001 تدریس می شود، این کتاب درسی پایه گسترده برای دانشجویان پیشرفته در مقطع کارشناسی و کارشناسی ارشد در بیوانفورماتیک و میکروبیولوژی هدف قرار گرفته است. نویسندگان از پیشینه های متنوعی هستند که ماهیت بین رشته ای موضوع را تکمیل می کنند و در نتیجه زبان علمی مشترکی را توسعه داده اند. خوانندگان این متن را مرجعی ارزشمند برای ابزارهای محاسباتی و بیوانفورماتیک خواهند یافت.

The major difficulty many microbiologists face is simply that of too much information. As a result of sequencing technologies becoming so economical, there is a very real and pressing need for high-throughput computational methods to compare hundreds and thousands of bacterial genomes.

This accessible text/reference provides a coherent set of tools and a methodological framework for comparing raw DNA sequences and fully annotated genome sequences, then using these to build up and test models about groups of interacting organisms within an environment or ecological niche. Easy-to-follow, this introductory textbook is built around teaching computational / bioinformatics methods for comparison of microbial genomes, and includes detailed examples of how to compare them at the level of DNA, RNA, and protein, in terms of structural and functional analysis.

Topics and Features:

• Contains five introductory chapters each representing a specific scientific field, to bring all readers up to the same basic level

• Familiarizes readers with genome sequences, RNA sequences (transcriptomics), proteomics and regulation of gene expression

• Describes basic methods to compare genomes and visualize the results for easy interpretation

• Discusses microbial communities, providing a framework for analysing and comparing individual genomes or raw DNA derived from complete ecosystems

• Introduces various atlases, building up to the Genome Atlas

• Offers numerous helpful examples throughout

• Focuses on the use and interpretation of publicly available Web tools

• Provides supplemental resources, such as Web links, at http://comparativemicrobial.com

Developed from a set of lectures for a course in Comparative Microbial Genomics taught since 2001, this wide-ranging foundational textbook is aimed at advanced undergraduate and graduate students in Bioinformatics and Microbiology. The authors are from diverse backgrounds complementing the interdisciplinary nature of the topic and consequently have developed a common scientific language. Readers will find this text an invaluable reference for computational and bioinformatics tools.